附属医院是全国首家国家区域中医医疗中心建设依托单位；附属针灸推拿医院是全国仅有的两所三级甲等针灸专科医院之一，其“新九针”技术享誉国内外；附属中西医结合医院是国家中西医协同“旗舰”医院建设试点单位和国家中医药管理局中西医结合重点建设单位；附属晋中医院是一所集医疗、教学、科研、预防、保健为一体，以康复养生为特色的三级甲等中医院；附属中医院是国家食品药品监督局批准的“国家药品临床研究基地”和国家中医药管理局批准的“全国十大重点科研院所”。
山西中医药大学附属医院始建于1983年，1988年6月开诊，是一所集医疗、教学、科研为一体的三级甲等综合性中医医院，是国家重点建设中医医院、国家中医药传承创新重点建设单位、全国中医医院中医药文化重点建设单位、全国中医药文化宣传教育基地、全国首批中医（全科）住院医师规范化培训基地、国家中医临床教学培训示范中心、国家中医紧急医学救援队伍和紧急医学救援基地、全国首家国家区域中医医疗中心建设依托单位。
山西省针灸医院由山西针灸泰斗、新九针发明者师怀堂教授于1984年始建。隶属于山西省卫生健康委员会，是山西省中医药大学附属医院，三级甲等中医专科医院，是目前山西省内集针灸医疗、教学、科研为一体的最高机构。医院一院两地，分别位于北园街2号的国家针灸临床基地和建设南路190号的国家中医药管理局中医康复基地。在传承“一大师两泰斗”学术思想的基础上，相继成立了国医大师吕景山传承工作室和山西中医学院脑病学石学敏院士工作站；建立了新九针学术流派研究室、谢锡亮灸法研究室、头针康复训练研究室和贴敷研究室，并开设国医堂特色专家门诊和22个专病专治门诊。
山西省中西医结合医院（山西中医药大学附属中西医结合医院、太原铁路中心医院）成立于1939年，是山西省目前唯一一所集医疗、教学、科研、预防保健、社区服务为一体的三甲中西医结合医院，为国家中医药管理局重点中西医结合医院，国家传承创新工程重点中医医院建设单位，首批国家级爱婴医院，山西省首批道路交通事故重伤员无差别急救绿色通道医院（A级），太原市孕产妇危急重症救治中心，国家中医药管理局中医住院医师规范化培训基地，省、市基本医疗保险定点医院，太原市城乡居民医疗保险首诊定点医院。
晋中市中医院（山西中医药大学附属晋中医院）始建于1978年，2018年被评为三级甲等中医医院，占地和建筑面积均为3万平方米，固定资产1.5亿元，编制床位550张，现有职工682人（其中专业技术人员566人，高级职称116人，中级职称210人）。是山西中医药大学附属晋中医院，是山西医科大学临床实践基地，大同大学、山西医科大学晋中学院和山西卫生健康职业学院的教学医院。是晋中市唯一一所集医疗、教学、科研、预防、保健及康复为一体的公立中医医院。
山西省中医药研究院成立于1957年，2005年增挂山西省中医院院牌。医院是国务院批准的硕士授予单位，国家食品药品监督局批准的“国家药品临床研究基地”，国家中医药管理局批准的“三级甲等中医院”和“全国十大重点科研院所”，山西省卫生厅授予“全省卫生系统先进单位”，山西省文明委授予的“省级文明单位标兵”， 国家文明委授于的“全国精神文明建设先进单位”， 国家卫生部授予全国卫生系统先进集体，中国医院协会授予“全国百姓放心示范医院”。
