根据中医学基础理论，五行“木、火、土、金、水”分别对应“青、赤、黄、白、黑”五色。《尚书洪范》指出：五行：一曰水，二曰火，三曰木，四曰金，五曰土。水曰润下，火曰炎上，木曰曲直，金曰从革，土爰稼穑。
青（绿）色属木，为校徽主色调；木曰曲直，蕴含“十年树木、百年树人”，体现学校立德树人根本任务，培养社会主义合格建设者和接班人。
赤（红）色属火，火曰炎上。红色的纽带充满动感，象征全校师生医护员工为中医药事业发展所迸发出的澎湃激情和昂扬活力。
黄色属土，土爰稼穑。黄色的山西地图及内部四通八达的脉络，体现学校植根于黄土高原，辛勤耕耘，不懈进取，尽心竭力服务于区域健康事业发展。内外环状金黄色，象征着山中医蓬勃发展、其道大光的美好未来。
白色属金，金曰从革。体现我校师生医护为卫生健康事业发展革故鼎新、不畏艰险、顽强拼搏。
黑色属水，水曰润下。象征我校师生医护求真济世、上善若水的人文精神。外环两个对称黑色圆点与内环白色圆圈构成了学校开放包容、阴阳和合的大格局。
校徽内核为“中”字，由红色纽带、黄色地图、银色毫针组成。通过火、土、金的五行相生，象征山西中医药大学事业发展顺遂大势，生机无限。
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